W niedalekiej przyszłości korporacje łącznościowe sięgnęły gwiazd, a elektrony i światło płyną poprzez wszechświat. A jednak postęp komputeryzacji nie zlikwidował jak dotąd podziałów narodowych i rasowych. Jest rok 2029. Przyszłość, która jest jednak różna od znanej nam rzeczywistości. Teraz to komputery i globalna informatyzacja rządzą światem. Najgorszym przestępstwem staje się w tej chwili włamanie do sieci. Tutaj właśnie rozgrywa się walka stróżów prawa z kryminalistami. Świat, w którym ludzie mają wbudowane w siebie cybernetyczne komponenty, a cyborgi są nie do odróżnienia od zwykłych ludzi staje się areną walki policyjnej Sekcji 9 z tajemniczym hakerem zwanym Władcą Marionetek. Dwójka agentów, Batô, człowiek z elementami cyborga w sobie, oraz Major Motoko Kusanagi, doskonały cyborg o ludzkich odruchach, podejmują walkę z hakerem, który zamienia ludzi w bezwolne marionetki wykonujące jego polecenia. Walka z Władcą Marionetek powoduje, iż Batô zaczyna uważnie przyglądać się pięknej pani Major.